Las otras dos ocasiones que llegó como diputado local, lo hizo bajo las siglas de Movimiento Ciudadano y del Partido Acción Nacional.
Con esta 5ta participación como diputado local, Juan Manuel Molina, iguala a Catalino Zavala, actual dirigente estatal de MORENA en el número de veces que repitió como diputado local; la difrencia con Catalino Zavala, es que este último llegó a su 5ta participación como diputado por Baja California con cachuchas de cinco partidos diferentes, entre ellos el PARM, PRD, PT, PRI y MORENA.